Естествените езера в Пирин планина наброяват над 270. Преобладаващата част са циркусни (ледникови). Почти всички се намират над 2000 м. н.в. Общият им брой в границите на община Банско надвишава сто, с обща площ 107,4 ха. От тях с голямо значение са Василашките (12 постоянни и едно временно), Стражишките (Газейските) 5 постоянни и 3 временни, Валявишките (с Превалските 4 постоянни), Типицките (2 постоянни и 1 временно), Бъндеришките с Овинатите езера (16 постоянни и 5 временни), Попово езеро с Полежанските (3 постоянни), Рибните (5 постоянни), Банските (2 постоянни) и Кралевите езера (12, като 7 от тях са много малки). Джангалските (Кременските) езера са 9 на брой (7 постоянни и 2 временни).

Попово езеро (Папаз гьол) е най-голямо (131,9 дка); най-дълго (517 м); най-широко (452 м) и най-дълбоко (29,5 м). Четвърто по големина в България, разположено на 2234 м н.в. Намира се между склоновете на върховете Момини двори и Джангал. В неговия северен край има малък остров.

Изкуствените езера и реки се намират в ниските части.