Църквата е основана през 1868 година. Краят на 19-ти век е бил бурен и динамичен, България навлиза в нова епоха. По това време, към средата и края на 19-ти век, Банско било едно от най-напредничавите и предприемчиви възрожденски селища. Първоначалните събирания на евангелските християни се организирали в къщите на Петър Ушев и Марко Петканчин. Постепенно евангелското общество се увеличило и се наложило да се намери подходяща сграда. На 6 август 1868г. се организирала официално евангелската църква в Банско. На 15 август 1871г., на свикания евангелски събор, проповедник Иван Тонжоров от Самоков бил ръкоположен за пастор и била организирана църквата.